Metronidazole tahammül iyidir. Ancak baş ağrısı, gastrointestinal irritasyon ve metalik tat yaygındır. Seyrek olarak uyuşukluk, döküntüler ve koyu renkli idrar görülebilir. Kullanım süresine ve doza bağlı olarakaşağıdaki yan etkiler görülebilir: Merkezi sinir sistemi: Periferik nöropati, baş ağrısı, uykusuzluk, depresyon, baş dönmesi, koordinasyon bozukluğu, konfüzyon, ataksi, irritabilite, yüksek dozda veya uzun süre kullanıldığında toksikensefalopati. Gastrointestinal sistem: Bulantı, iştahsızlık, ender olarak kusma, diyare, epigastrik sıkıntı, abdominal kramplar, kavızlık, proktit, keskin ve hoş olmayan metalik tat, glossit, stomatit. Hematoloji: Reversibi nötropeni (lökopeni) Renal-genitoirüner: Disüri, sistit, poliüri, idrar tutamama, pelvik basınç hissi, koyu kırmızı-kahverengi idrar. Aşırı duyarlık: Ürtiker, eritemanöz kızartılar, ateş basması, nazal konjesyon, ağız kuruluğu, ateş.