Sistematik Metronidazol oral antikoagülanların etkisini potansiyalize ederek protrombin zamanını uzatır. Topikal uygulama sonucu absorbe olan miktarlar minimal olmasına rağmen oral antikoagülan tedavisi gören hastalarda dikkatli kullanılmalıdır. Oral yoldan kullanılan Metronisdazol preparatlarının kumarin ve warfarinin antikoagülan etkilerini potensiyalize ederek protromin zamanını uzattıkları tespit edilmiştir. Sistemik metronidazol uygulaması sonucunda alkol alan kişilerde disülfiram benzeri reaksiyon oluşmasına rağmen, topikal Metronidazol uygulaması sonucu bir tür reaksiyon görülmez.