Topikal olarak uygulanan Metronidazol'ün toksisitesi çok düşük olup, genelde iyi tolore edilir. Rosacea rahatsızlığı olan hastalarda lokal reaksiyonları tespit etmek oldukça zordur, zira rosacea genelde enflamasyon ve fasiyel papül, püstül, eritem ödem yanma ve batma ile seyreden bir rahatsızlıktır. Metronidazol uygulamasından sonra deride hafif kuruluk yanma ve batma seyrek de olsa görülebilir. Oral veya intravenöz Metronidazol uygulanmasından sonra görülen yan etkiler topikal metronidazol sonucu görülmez, çünkü topikal uygulama sonucu minimal miktarlarda sistemik absorpsiyon görülür. Beklenmeyen bir etki görüldüğünde doktorunuza baş vurunuz.