Septrin aşağıdaki enfeksiyonların tedavisinde endikedir: Üriner yol enfeksiyonları: Akut, komplike olmayan üriner yol enfeksiyonlarının tedavisi. Komplike olmayan üriner yol enfeksiyonlarının başlangıç dönemi tedavisinin kombinasyondan ziyade etkili tek bir antibakteriyel ajan ile yapılması önerilmektedir. Solunum yolu enfeksiyonları: Otitis media tedavisi: Septrin, otitis medianın profilaktik veya uzun süreli uygulamasında endike değildir. Kronik bronşitin akut alevlenmelerinin tedavisi, Pneumocystis carinii pnömonisinin tedavi ve önlenmesi. Genital yol enfeksiyonları: Oro-farengeal ve ano-rektal enfeksiyonları da içeren gonore tedavisi, şankroid tedavisi, granüloma inguinale (venereum) tedavisi. Gastrointestinal sistem enfeksiyonları: Organizmanın in vitro olarak duyarlı olduğu gösterildiğinde, sıvı ve elektrolit replasman tedavisine ek olarak, kolera tedavisinde. Şigelloz tedavisinde, turist ishali (enterotoksijenik E. coli'nin etken olduğu gastroenterit de dahil) tedavisinde. Nocardiosis tedavisi. Toksoplazmozis.