Trimoks, trimetoprim ve Sulfametoksazol ihtiva etmektedir, benzeri bileşimlerin gösterdiği yan etkileri gösterebilir. Tavsiye edilen dozlarda iyi tolere edilir. Rapor edilen yan etkileri çok nadirdir ve nadiren kusma ile birlikte veya kusma olmadan bulantı ve ciltte kızarıklık görülebilir. Anaflaktik reaksiyon ateş, fotosensitivite, sarılık, kristalüri olabileceği bildirilmiştir. Diyare ve glossitis (dil iltihabı) görülmesi çok nadirdir. Nadiren Pseudomembranaus colitis meydana gelebileceği rapor edilmiştir. Monilial gelişme çok nadirdir. Bazı izole vakalarda Erythema multiforme bullosa (Stevens – Johnson sendromu) ve toksik epidermal necrolysis (Lyel sendromu) gibi ciddi cilt hassasiyeti reaksiyonları rapor edilmiştir. Hematolojik değişmeler görülmüştür, ancak değişme yavaştır ve tedavi durduğunda tablo düzelmektedir. Bu değişmeler başlıca, leucepenia, neutropenia, trombositopenia ve daha az olarak agronulacytosis, megaloblastic anemi ve purpura’ dır. Son olarak hepatit ve zayıf folate tablosu görülenler için bir risk meydana gelebilir. Trimoks G – 6 – PD’ si ciddi şekilde azalmış hastalarda hemolisis’ e sebep olabilir. Başağrısı, depresyon, uykusuzluk ve halüsinasyon yapabildiği hakkında subjektif birkaç rapor varsa da bunların tedavi ile ilgisi kesin olarak saptanmamıştır. Nadiren aseptik menenjit veya menenjit benzeri semptomlar görülmüştür. Pneumocystis carini pnömonisi için tedaviye göre AIDS hastalarında vücutta kızarıklık , lökopeni transaminaz değerlerinde artış gibi yan etkilerin ortaya çıkması AIDS olmayan hastalara göre daha fazla olarak bildirilmiştir.