Kemik iliğini baskılayan ilaç olduğu için tedavi sırasınada anemi, lökopeni, trombositopeni, megaloblastoz, retikülositlerde azalma görülür.Bu reaksiyonlar şiddetli doza ve tedavi programına bağlıdır.Periferik yayma ve kemik ilği morfolojisinde hücresel değişiklikler görülebilir.
Enfeksiyonlar: Viral, bakteriyel, parazitik, tungal veya saprofitik enfeksiyonlar görülebilir. Bu enfeksiyonlar hafif olabileceği gibi ağı hatta ölümcül olabilir.
En sık görülen yan etkiler iştahsızlık, bulantı, kusma, diyare, oral veya anal enfeksiyonlar , üserasyo, karaciğer işlev bozukluğu, ateş,döküntü, kanama, Cytarabin sendromu: Ateş , miyalji, kemik ağrısı, göğüs ağrısı makülapapüler.
konjektivit, halsizlikle kendini gösteren sendromdur. Bu sendromun önlenmesinde veya tedavisinde kartikosteroidle kullanılır.Ayrıca uygulama sırasında deri altı uygulama sahasında nadiren ağrı ve enflamasyon görülebilir.