Klinik çalışmalarda gözlenen yan etkilerin büyük çoğunluğu hafif ve geçici türden olup klasin nakroitlere göre gastrointestinal yan etkiye daha az rastlanmaktadır. Gözlenen yan etkilerin çoğunluğu gastrointestinal sistemle ilgili olup, diyare, kusma, abdominal ağrı, dispepsi ve bulantıdır. Diğer yan etkiler, baş ağrısı, tat değişikliği ve karaciper enzimlerindeki geçici artışlardır. Diğer makrolitlerle olduğu gibi klaritromisine seyrek olarak; Karaciğer enzimlerinde artış ve sarılıkla veya sarılıksız seyreden hepatosenüler ve/veya kolestatik disfonksiyon rapor edilmiştir. Bu hepatik disfonksiyon şiddetli olabilir ve genellikle terssinir'dir (reversibl). Çok çok nadir durumlarda fetal sonuçlanan hepatik yetmezlik rapor edilmiştir. Ve genellikle altta yatan ciddi hastalık ve/veya aynı anda kullanılan ilaçlarla alakalıdır. Klaritromisin ve omeprazolin birlikte uygulandığı klinik çalışmalarda dilde geçici renk değişikliği görülmüştür. Oral olarak uygulanan klaritromisin ile ürtiker ve orta derecede deri erüpsiyonundan, anafilaksi ve Steven - Johnson sendromuna kadar uzanan alerjik reaksiyonlar oluşmuştur. Oral klaritromisin ile endişe, baş dönmesi, uykusuzluk, kötü rüyalardan, konfüzyon, halisilasyonlardan, psikoza kadar uzanan geçici santral sistemi yan etkileri rapor edilmiştir. Fakat sebep ve etki bağlantısı belirtilmemiştir. Klaritromisin tedavisi sırasında, ilacın bırakılması ile ortadan kaldıran işitme kaybı görülebilir. QT aralığı genişlemesi olan kişilerde eritromisin, ventriküler aritmi ve "torsade de pointes" ile nadiren alakalıdır. Klaritromisin tedavisi ile glosit, stomatit ve oral monilia rapor edilmiştir. Bağışıklık sistemi bozuk hastalardaki advers etkiler: Mikobakteriyel enfeksiyonlar için uzun süre klaritromisin uygulamasıyla alakalı advers etkiler, HIV hastalığının veya seyir eden hastalığın altta yatan belirtilerinden ayırt etmek genellikle zordur. Laboratuvar Bulgularında Değişiklikler : Klinik açıdan önemli olabilecek laboratuvar bulgularındaki değişimler şunlardır: Hepatik: Yükselmiş SGPT (ALT) <%1, SGOT (AST)<%1, GGT<%1, alkalin fosfataz <%1 , LDH <%1 ve total bilirubin <%1. Hematoloji : Azalmış lökosit sayısı <%1 ve yüksek protrombin zamanı %1 . Renal : Yüksek BUN %4 ve yüksek serum kreatinini <%1 .